徳川幕府の対神社政策は、対寺院政策に比べると、ずいぶん地味ではある。仏教寺院は、中世までとは比べるべくもないとは言え、それなりに強大な宗教勢力として存在し、またそれ故にキリシタン対策に有効であったため、抑制する意味でも利用する意味でも、幕府としては力を入れて体制への組み込みを図る必要があった。それに対して、神社は、幕府にとって、いい意味でも悪い意味でも、仏教寺院ほどの存在ではなかったのだろう。仏教寺院に関する政策が、寺請制度や本末制度のような、社会生活や寺院運営にダイレクトに関わる内容を含んでいるのに対して、1665(寛文５)年の「諸国社家御掟」は、神領売買の禁止や、神職位階に応じた装束の許可に吉田家の権威を公認していることを除けば、概ね常識的な教訓の域を出ない。吉田家に対しては、1674(延宝２)年に、遠国神職の官位執奏権も明文化しており、同家による神職統括の体制を意図してはいるようだが、あまり実体を伴わなかったと思われる。大阪の高津社に関しては、これに逆行し、中世以来の既得権を優先するかのような享保年間の判例が、摂陽奇観に記録されている。
もっと後になって、1782(天明２)年には、1665年の法度を再公布し、更に「吉田家之許容を不受」社を非難し、村持・宮座社禁止を明言して、統制強化の姿勢を示すが、これ以降は、幕府権威そのものが低下の一途をたどるので、結局最後まで、神社統制の貫徹は実現しなかったと言える。
むしろ、幕府が関与した事業で、後世まで神社に影響を与えたのは、地誌（「日本輿地通志」）編纂だろう。五畿内志（輿地通志畿内部）のうちの摂津志(享保年間並河誠所編)では、それまで大半が所在不明であった式内社について、二座社の一部を除いて、現存社への比定が行われた。また、これに関連して、1736(元文元年)に、久保重宜・菅広房らが中心となっての、比定社の一部（実際には村役人と神職あるいは社僧の連名宛）に対する式内社石標の交付が実施され、後に神仏分離期の社名変更の根拠とされた。
徳川幕府の公認イデオロギーが儒教（朱子学）で、その大立者が林羅山であることは誰でも知っている。彼はまた、王道と神道の一致こそが道徳の実現の理想的な場であると考え、
儒者の多くがそうであったように、仏教を夾雑物として憎悪した。
彼の神儒一体論は、中世的な神仏一体論に代わる論理を準備したことになるが、まだこの時代には、幕府の政策を排仏的な方向に動かす力は持たなかった。「儒」はもとより「神」も、仏教の宗教的なパワーには、まだはるかに及ばず、排仏などして宗教的空白が生じたところへ、キリスト教が再び浸透しては、元も子もないからだ。神儒一体論が勝利を収めるのは明治維新からで、神仏分離後の「神」に欠けていた「教」を、明治政府は儒教によって補完せざるを得なかった。近代化を急ぐ役人達にとって、国学アナクロニズムは論外であり、彼ら下級武士階級が慣れ親しんできた儒教道徳だけが、富国強兵・殖産興業に向けた中央集権化を支える国民道徳たり得ると考えられた。羅山の死後200年以上経た1890年の教育勅語で、神儒一体論は「国教」となる。
近世中には、むしろ民間での「神社」の地位向上の動きが注目される。都市部等で神道家・国学者等による出版・講義・講釈等の盛行が見られ、生活に余裕の出てきた都市住民の中には、それらを熱心に支持する者も現れた。国学の大立者の一人である平田篤胤の講演録は、知識階級以外に目を向けはじめた思想家達の活動の雰囲気を、よく伝えている。あるいは、神道講釈を愛聴して、神道葬式を望みつつ死んだ男の遺志をかなえるべく、友人達が人別帳を握る檀那寺に談判に及ぶ話が、落語としても残されている。
また、輿地通志のような、大規模な地誌編纂事業に触発されて、在地の側での地誌あるいは郷土史への関心が生じてくる。中世における春日社領垂水西牧南郷目代であった今西家の第四十三代玄章は、摂津志に刺激され、1736年に豊島郡誌をまとめる。この中で、彼は、神社に強い関心を示すとともに、式内社の古跡の多くが失われていることを嘆き、神仏習合で神道が歪められていると憤っている。
摂津の大半の地域は、中世末の一向一揆勢力と武士団との熾烈な闘争の舞台となったこともあり、中世以前の状況を伝える文書の伝存が極端に少なく、寺社も多くは一度は廃絶同然の被害を受けている。こうした条件のもとで、興味が歴史に向いたとき、人々が「あったはずの過去」を探し求める際の、手がかりの一つが神社だった。延喜式神名帳への関心も、その一環として考えることができるし、神道家・国学者達の所説は、そうしたアプローチに理論的根拠を与えるものとして歓迎されただろう。明治維新期の神仏分離というトンデモナイ政策が、少なくとも農村や町場の氏神社等においては、後の神社合祀政策などよりは遙かに抵抗なく受け入れられたように見えるのも、そうした下地が村方・町方の指導層に既に形成されつつあったことによると思われる。
大衆信仰の面では、広域信仰圏を獲得していた多くの神仏習合社をしのいで、伊勢神宮が突出した地位を占めるようになる。神仏習合社が通常、修験者を布教者の主力としていたのに対して、伊勢神宮では、師職と呼ばれる独自の職業的布教者グループが形成され、全国に札を配り、参詣者を呼び込んだ。元禄頃の寺社吟味帳等で、摂津の農村部の氏神社の一部に「天照大神」を挙げるものがあるのは、中世後期なり近世初頭に、彼らの活動がこの地域に及んでいたことの痕跡かも知れない。古代においては、天皇家内の祖神に過ぎず、中世においては仏教僧侶や神道家の思弁上でのみ「最高神」であったアマテラス女神は、師職達の布教活動によってはじめて、信仰を受ける「日本の最高神」としての目で見られはじめる。彼らは、明治維新後には解体され、伊勢信仰も神道は宗教でないかのような建前の中に雲散霧消してしまうから、近世は、広域信仰としての神道が自立的に成立した、極めて例外的な時代であったと言うべきかも知れない。
封建体制下の資本主義という、近世都市あるいは都市近郊農村の特異な状況は、権威の商品化を大いに進めることとなった。神社界においても、吉田家から神職位・受領名を買い、伏見稲荷愛染寺から「正一位」の官位称号を買い、その投資を村民や参詣大衆から回収したり、訴訟等のトラブルに対する保険とすることが多くなった。
一方、無料で仕入れることのできる権威として、歴史を捏造することも好まれた。個人の系図偽造には、それなりの知識を持った人への謝礼や製作実費がかかるが、社寺の由緒の粉飾は、僧侶・神職が自ら工程のほとんどを担当することができ、タダ同然である。十七世紀中は、精々高僧の名を開基に持ってくる程度であったものが、十八世紀に入ると、次第々々に「勅願」による創建・開基を名乗る寺社が増加する。十八世紀末頃には、大衆の参詣を収入源として重視するような寺社は、競争力を維持するために、軒並み「勅願」を称するようになる。
時代が下るにつれて、ありがたみが薄れて、アラばかりが目立つようになる幕府は、歴史が浅いこともあって、ブランドとしては今いちである。奈良朝や平安朝の朝廷に由来する権威は、値打ちがありそうで、しかも都合のいいことに、どうせ誰も知らない昔のことだから、多少の捏造をしても、直ちに罰せられるような心配はない。もっとも、同時代の公家から認定してもらえれば、それに越したことはないが、相応の出費は覚悟しなければならない。
こうした傾向は、十八世紀後半以降、幕府権威の下落に伴って、ますます顕著になっていき、やがてそれを象徴する事件が、十八世紀末の大阪で発生する。1798(寛政10)年に摂津名所図会の前半部が発売されるやいなや、大阪天満宮の神主と社家総代は、自社についての記載内容に、少なくとも十個所の誤謬があると主張し、大坂東町奉行所に、該当個所の削除を求めて提訴した。天満宮側の強硬な要求と、それを支持する方向で出版停止をもちらつかせつつ示談を勧告する奉行所の姿勢に、版元は、トラブルの長期化による不利益を恐れ、天満宮側の改訂案文の丸写しに近い改版を受け入れた。
この冒頭部分だけでも、非遷座（場所の由緒）や神宮寺の否定といった、天満宮の主張のポイントが、ことさら盛り込まれているが、天満宮にとっての何よりも大きな成果は「勅願」の文言を明記させた点にある。天満宮に続いて、いくつかの神社が自社の由緒の改訂を要求し、それらも概ね版元に受け入れられた。朝廷権威による自社の格上げに懸命になっていた神社界が、影響力の大きなメディアに注目し、不利な記述を許さず、できる限り有利な内容に持っていこうとする様子が窺える。
近世は、全体として、政治的には「天下太平」で停滞していたように見えるが、社会的・経済的な基盤は変化し続け、神社の存立基盤もまた、変動していた。前節の、ことさらな朝廷権威への接近志向も、神社経営を維持するための「道具立て」の拡充を、社家が切実な課題として、自覚的に追求していたことの、一つの側面だと言えるだろう。
社家のような自立した経営主体のない、町場や村落の氏神社の場合はどうだろう。単に、景気がよければ寄進が集まり、村が窮乏化すれば神社も荒廃する、といったことばかりとは限らない。町場や村落の指導層は、しばしば、新興と没落の繰り返しの中で、メンバーが変化していく。神社が、中世末や近世初頭の段階で固定された「宮座」を基盤としていた場合、後には、メンバーを補充・変更するのか、村の指導層と宮座が乖離するのを受け入れるのか、といった選択を迫られることも多くあっただろう。新たに勧請された流行神・広域神を中心とした「講」グループと、既存の氏神社との間で、位置づけをめぐっての「揺れ」が生じることもあっただろう。
農村の階層分化は、時代とともに進行していくので、村の氏神は、単純に「共同体の神」であるというだけでは済まず、誰がどのような資格・責任で維持していくのかという問題が、顕在化することもある。また、被差別部落と一般農村の関係の変化に伴って、中世以来、神事に独自の職能を有していた被差別民が、その役割を否定され、祭礼からの排除や、氏子として認められなくなるといった、差別の表現の舞台となるケースもあった。
次に紹介する証文は、神社が「なんとなく共有」では済まなくなってきた時代の、村の氏神をめぐる争論の一例。事件の発端の正確な時期は不明だが、やはり十八世紀末のできごとだ。
文中に「両境内」とあるのは、春日社（現伊射奈岐神社）と愛宕社の二社境内を指し、また「社堂」とあるのは、神仏分離前は春日社とともにあった薬師堂・地蔵堂を含んだ表現。中世においては寺領村落であったと考えられる佐井寺村は、寺とその鎮守社がすなわち村の中心・信仰対象と一致していた。中世末頃に、村方が寺支配から自立して以降、個人の来世を祈る場は、真言寺院から離れて、真宗道場に移ってしまったが、農村としての祭礼の場は、寺院鎮守であった春日社を、引き続き村の氏神として信仰することで維持されてきた。十七世紀前半に、下新田集落へ佐井寺村民が入植するにあたって、寺とは無関係に、佐井寺と同じ祭神構成（春日・牛頭・八幡）の春日社を勧請したことは、村の氏神としての意識が強く働いていたことを示している。他方、十七世紀半ばの山田寺再興時には、寺の鎮守としての春日社が、強く意識されている。十八世紀初頭、山田寺が佐井寺観音として流行していた時代に出版された摂陽群談では、同社は寺の鎮守として掲載されている。村の氏神と寺の鎮守という、相異なる二つの位置づけは、長い間、村民にとっては、特に問題ではなかった。契機は不明だが、たぶん佐井寺観音への信仰熱の衰退による山田寺経営の悪化が関係しているのだろう、神社の帰属をめぐって、村と寺との間で、氏神/鎮守論争が発生する。上記の文書によると、これは一度は領主淀藩への訴訟にまで発展するが、そもそも二重の位置づけで長年経過しているのだから、領主側も双方の言い分に決定的な裁定を下すことができない。示談を指示されて、決着がつかないまま過ごすうちに、風害や土砂崩れにより社堂の破損が進行するが、村方は、紛争を理由に、再建費用の拠出を拒否する構えを見せる。ついに山田寺側が屈服して、村方の主張を認め、村方は改めて「氏神の別当」としての山田寺に経費を支払って神役を委任する、という形で示談が成立した。この決着からは、争論の本質が祭祀権ではなく財産権であったことが窺える。つまり、神社の支配権は村にあり、寺は、いわば雇われ神主としての立場で、神社に関与するというわけだ。結果的には、この決着は、後に明治維新期に神仏分離令への対応を決める際、村方の選択の自由度を高める効果を発揮したことになる。